Van Jacob de Boer, de 18-jarige zoon van de verdwenen wethouder, kreeg de SD een lijst met maar liefst 50 namen van illegale werkers in Waterland. De lijst was een dag eerder door de beruchte Landsmeerse NSB-er Sam Oly aan de familie De Boer gegeven. Sam Oly was destijds instructeur bij de door de NSB opgerichtte Weerbaarheidsafdeling.
De familie De Boer zette de Duitsers op het spoor van vele illegale werkers die al dan niet met de kidnapping te maken hadden. “De zaak van Van Baak en De Boer lag voor ons dood, totdat het gezin De Boer zich ermee ging bemoeien en alle gewenste inlichtingen gaf”, verklaarde Maarten Kuiper, de gevreesde Staatspolitieman en handlanger van de SD later.
Ook Hertha van Baak, echtgenote van Burgemeester Van Baak, had zich na de verdwijing tot de SD gewend. Hertha A.C. Van Baak - Ludwig was Berlijnse van geboorte en een overtuigd nazi, hoewel ze in Purmerend niet bijzonder ongunstig bekend stond. Ze wilde alles doen om haar man weer vrij te krijgen. Via de Purmerendse Kruidenier J.J. Westmijze kreeg ze een aantal namen door van mogelijke betrokkenen waaronder Jan Muusses, … Brand, … Crool, dominee Wieringa en Wil Bootsman. Hertha gaf alle namen door aan de SD en het mag een wonder heten dat daardoor niet nog meer slachtoffers zijn gevallen.
Tevens spoorde Hertha Jannie de Boer aan om zuster Koebrugge in de gaten te houden. Toen zuster Koebrugge na haar mislukte poging Bert en Klaas te bezoeken, van onderduikadres wilde wisselen ging ze even naar het Stadsziekenhuis om wat spulletjes op te halen. Jannie zag haar en waarschuwde direct de Duitsers. Zuster Koebrugge werd opnieuw gearresteerd. Een inderhaast uitgerukte bevrijdingsploeg van de Monnickendamse KP (Knokploeg), met Mart Stam, Wim van de Weerdhof en Charles Boonstoppel, arriveerde te laat bij het Schouw. Zuster Jo was al voorbij, begeleid door zes Duitsers. Dit keer werd ze langer vastgehouden. Pas na bijna twee angstige maanden in gevangenschap in Amstelveen keerde ze terug in Purmerend.
Jo Koebrugge was niet de enige die na de arrestatie van Bert en Klaas onderdook. Vrijwel de hele KP werd ondergebracht op onderduikadressen in Monnickendam. Vooral Jan Veltrop had het er druk mee! Als onderduikers en zonder hun commandant was de KP letterlijk en figuurlijk zijn hoofd kwijtgeraakt. De verzetsacties vielen niet stil, maar namen wel af in intensiteit. De droppings gingen door, evenals de economische sabotage (het ontvreemden van levensmiddelen bij de Duitsers en zwarte handelaren ten behoeve van de onderduikers en de gaarkeukens bijvoorbeeld). Men wist dat de orlog niet lang meer kon duren. Het verzet stelde zich nadrukkelijk de vraag of, met het eind van de oorlog in zicht, acties waarop als represaille onschuldige burgers konden worden gedood, nog wel zinvol waren. Hoewel Mart Schrieken de leiding van Bert overnam viel de KP na de arrestatie van Bert en Klaas toch enigszins uiteen.
Toen Bert en Klaas al niet meer in leven waren en zuster Koebrugge weer op vrije voeten was zocht Jacob de Boer nog steeds naar sporen van zijn vader. In opdracht van de Duitsers, die het onderzoek maar niet konden afronden, was hij op zoek naar de boerderij van Klooker in de Purmer. Volgens in Edam circulerende anonieme brieven zou zijn vader daar zijn gedood. Op 3 mei, slechts 2 dagen voor de bevrijding, signaleerde hij Maarten Buyten bij de boerderij van Klooker en zorgde ervoor dat de Duitsers Maarten te pakken kregen. Jacob schreeuwde dat Maarten een terrorist was die zijn vader had doodgeschoten en nu zelf zonder pardon moest worden gedood. Een vuurgevecht was het gevolg. Toen Maarten daarna gewond in een greppel lag, gaf Jacob hem nog een trap na. Later wist Maarten te ontsnappen uit het ziekenhuis. Het mag opvallend heten dat de Duitsers zo kort voor de bevrijding nog een dergelijke actie ondernamen. Op enkele uitbarstingen in Friesland en in de Kop van Noord-Holland na was er sprake van een soort wapenstilstand tussen de illegaliteit en de bezetter. De Duitsers arresteerden behalve Maarten Buyten ook boer Klooker en negen anderen die in zijn boerderij werden aangetroffen. Maarten wist - zoals eerder vermeld - te ontsnappen uit het ziekenhuis. De anderen werden korte tijd later weer vrijgelaten. De Duitsers wisten dat het eidn nabij was en zetten niet meer door.
Door sommigen werd ook de inval van de Duitsers in de boerderij van Kramer aan de Kanaaldijk in verband gebracht met de verdwijning van Van Baak en De Boer. Op 28 februari omsingelde de Wehrmacht de boerderij en werden boer Kramer en zijn 9 jongens van de BS (Binnenlandse Strijdkrachten) naar Amsterdam gebracht. Op 8 maart werd de hele groep gefussileerd, als actie voor een andere actie van het verzet. Ook deze dramatische actie werd veroorzaakt door verraad. Hoewel er sterke vermoedens bestaan over de dader, is de ware toedracht nooit boven water gekomen. Het is daarom niet juist deze zaak te beschouwen als een represaille voor de liquidatie van Van Baak en De Boer.
Het Bijzonder Gerechtshof in Amsterdam veroordeelde Jaanie de Boer, de hoofdschuldige in het verradersdrame, in december 1945 tot 20 jaar gevangenisstraf. Simon de Boer kreeg 12 jaar en zijn vrouw 6 jaar. Kruidenier Westmijze werd tot 15 jaar gevangenisstraf veroordeeld, Hertha van Baak kreeg 6 jaar en in april 1946 werd Jacob tot 10 jaar cel veroordeeld.
Met het verraad van Jannie de Boer, waardoor Bert Snijder en Klaas de Boer het leven verloren, was het verraad na de verdwijning van NSB-burgemeester Van Baak en zijn Edamse adjudant Jan de Boer nog niet ten einde. Ook een aantal Edammer familieleden van Jan de Boer alsmede de echtgenote van Van Baak lieten zich niet onbetuigd.
Na de verdwijning zocht Simon de Boer, de broer van Jan, contacht met de SD (Sicherheitsdienst). Tijdens de bijeenkomst bij hem thuis, waarbij ook Jannie de Boer aanwezig was, vertelde hij de Duitsers dat agent Botman zijn broer van huis had gehaald. Simon’s vrouw gaf de Duitsers een foto van Botman en de woning van de agent werd aangewezen.
